Картина повествует о судьбе Соломона Лейна, задержанного властями, хотя его бывшие все те же агенты из ценной организации, переименовавшись в «Апостолы», продолжают без стеснения свою деятельность. Их главарь - загадочный экстремист Джон Ларк, автор манифеста, высказывающего призыв о сокрушении сложившегося мирового порядка. Итан Хант, спецагент, наделенный всеми необходимыми данными, получает задание заблаговременно приобрести три похищенных плутониевых ядра, пока Апостолы этого не сделают. В цивилизованной обстановке он получает подмогу от своих предыдущих напарников - Бенджи Данна и Лютера Стикелла, но вскоре их операция проваливается, и похитители скрываются вместе с опасным материалом.
К тому же команда обращает внимание эксперта по ядерному оружию по имени Нильс Дельбруук, на которого смотрят косо за его связи с террористами, в результате чего ему был запрещен доступ к секретной информации. В это же время Центральное разведывательное агентство не довольно неудачным исходом операции и присылает Итану помощь в лице специального агента Августа Уокера. В объединении усилий они начинают одолевать следы экстремиста, но наш герой и его команда совершенно не подозревают, какого непредсказуемого и мощного противника им придется преодолевать. Хант и его сподвижники оказываются перед лицом беспощадных боевиков, которые стремятся к погружению мира в хаос. Им приходится использовать все свои профессиональные навыки и умственные способности, чтобы раскрыть тайну Джона Ларка. В этой роковой игре ставки выше, чем только их жизни – ставка - будущее всего мира.
